Pouco depois, piorou de uma enfermidade que começara a molestá-la antes de professar seus votos e seu pai a retirou do convento. A irmã Joana Suárez acompanhou Teresa para ajudá-la. Os médicos, apesar de todos os tratamentos, deram-se por vencidos e a enfermidade, provavelmente malária, se agravou. Teresa conseguiu suportar o sofrimento, graças a um livro devocional que lhe fora dado de presente por seu tio Pedro, "O Terceiro Alfabeto Espiritual", do Padre Francisco de Osuna. Esta obra, seguindo o exemplo diversas outras de místicos medievais, consistia de instruções para exames de consciência, para auto-concentração espiritual econtemplação interior (técnicas conhecidas no jargão místico como oratio recollectionis ou oratio mentalis). Teresa também fazia uso de outras obras ascetas como o Tractatus de oratione et meditatione de São Pedro de Alcântara, talvez muitas das obras nas quais Santo Inácio de Loyola baseou seus "Exercícios Espirituais" e possivelmente os próprios "Exercícios". Teresa seguiu as instruções da obra e começou a praticar a oração mental. Finalmente, após três anos, ela recuperou a saúde e retornou diretamente para tomar o hábito noCarmelo.

Teresa conta que durante sua enfermidade, ascendia do estágio mais baixo, da "oração mental", ao de "oração do silêncio" ou mesmo ao de "devoções de êxtase", que era um de união perfeita com Deus (veja abaixo). Durante este estágio final, Teresa conta que experimentava com frequência uma rica "benção de lágrimas". Conforme a distinção católica entre pecado mortal e venial foi se tornando clara para ela, passou também a compreender o terror profundo do pecado e a natureza do pecado original. Em paralelo, conscientizou-se de sua própria impotência em confrontar o pecado e certificou-se da necessidade da sujeição absoluta a Deus.

Por volta de 1556, vários amigos sugeriram que este conhecimento recém-revelado a Teresa era de origem diabólica e não divina e, como resultado, Teresa passou a infligir a si própria diversas torturas e outras formas de mortificação. Mas seu confessor, o padre jesuítaFrancisco de Borja, reassegurou-a da divina inspiração de seus pensamentos. No dia de São Pedro de 1559, Teresa se convenceu firmemente que Jesus Cristo teria aparecido para ela de corpo presente, só que invisível. Estas visões continuaram por mais de dois anos ininterruptos e, numa delas, um serafim^[a] trespassou repetidamente seu coração com a ponta inflamada de uma lança dourada provocando nela uma inefável dor espiritual e corporal: